年6月30日，以色列空军方面指责俄罗斯军队，认为俄罗斯在叙利亚基地内没干“好事”：俄罗斯军方被指控扰乱以色列空军、民航，还包括土耳其和塞浦路斯的GPS全球定位系统。据以色列一位与军方密切相关的人士表示称，以色列国际航空公司抱怨整个中东地区出现了超极大面积的GPS信息中断，这个中断包括在叙利亚，伊拉克，伊朗，以色列，土耳其，塞浦路斯和一些希腊岛屿空域的GPS运行中断。
在叙利亚基地内干坏事？以色列将矛头直接指向了俄罗斯军队，特别是驻扎在叙利亚西北部的Hmeimim空军基地的俄罗斯军队，以色列空军认为这里俄罗斯使用大型干扰器，干扰美国GPS故障的幕后黑手。以色列空军补充说，以色列安全代表团目前正在与欧洲联盟和美国合作讨论应对方案，不能允许俄罗斯军队继续在中东地区干扰各个国家。
俄罗斯电子战部队作为回应，俄罗斯驻以色列大使表示这些指控是虚假的，“不能认真对待”。俄罗斯方面否认了是俄军进行的干扰，三个星期以来，以色列的主要机场本-古里安机场一直在遭受严重干扰，特别是针对GPS（全球定位系统）卫星通信系统，造成了国际航班导航困难。据以色列机场管理局和国际航空协会联合会称，在特拉维夫机场，很多飞行员已经失去了GPS信号导航。
干扰了以色列民航？以色列机场调度员一直高度紧张的伴随着飞机的着陆和起飞，并且以色列飞行员被命令关闭GPS系统，使用替代导航工具。尽管存在干扰，但到目前为止，并未发生任何一起航空事故。到目前为止，干扰的原因仍然未知。但是以色列空军认为俄罗斯应对以色列领空遭到大规模干扰行为负责。
以色列国防情报局前负责人AmosYadlin在讲话时表示相信俄罗斯军队在邻国叙利亚的行动是针对以色列，“俄罗斯军队正在全力干扰以色列GPS导航”。有人指出，这种干扰不仅发生在特拉维夫，而且也发生在塞浦路斯。
之前被拍摄到的叙利亚基地内电子战装备以色列安全部队认为，以色列军队探测到干扰器是在俄罗斯驻叙利亚的Hmeimim军事基地，或地中海上航行的一艘俄罗斯军舰上，发出的无线电电子战系统。这些电子战系统致力于保护叙利亚西北部的俄罗斯飞机进行空袭。以色列国防军说，这起事件涉及民航和以色列军方，以色列空军一定会解决这一问题并促进航行自由的技术。同时以色列国防军对俄罗斯、叙利亚方面发出警告，如果俄罗斯军队继续利用叙利亚领土，对以色列本土进行干扰的话，那么以色列空军绝对会毫不手软，立马出击空袭俄军驻叙利亚军事基地。
叙利亚S-起竖面对着以色列空袭威胁，叙利亚方面却不敢真心坐以待毙，十分担忧以色列空军随时随地会打过来，而根据以色列最新发布的卫星图像显示，叙利亚的S-PM远程防空系统处于活跃状态并且处于战备状态，时间在6月28日开始，从照片分析来看可见的，叙利亚S-防空导弹12个发射器用迷彩网覆盖，雷达站-高空探测器96L6已经竖起，叙利亚严防以色列发动的精确打击。
从7月1日的情况来看，以色列还真得动手了，但是没有胆量打击俄军，只能敲打下叙利亚和伊朗。